Già presente nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani (un codice della Biblioteca Capitolare del Duomo di Milano della fine sec. XIII, testo che riporta le memorie dei santi venerati in Milano e nella diocesi con la enumerazione delle chiese e degli altari ad essi dedicati, mancando però dei santi più popolari – come S. Ambrogio – perché ad essi sarebbe stata dedicata un’altra pubblicazione a noi non pervenuta) che cita in Morazzone le chiese di S. Maria Maddalena (“In plebe castro seprio. loco morenzono. ecclesia sancte marie magdalene”), di S. Maria (“Morenzono. Ecclesia sancte marie”) e di S. Pietro (“Morenzono ecclesia sancti petri”) – oggi scomparsa -.
La chiesa di Morazzone è attestata come “capella” alla fine del XIV secolo nella pieve di Castelseprio (Notitia cleri 1398, un codice sulla rendita economica delle parrocchie ad uso forse della Curia Arcivescovile, custodito sempre nella Biblioteca Capitolare del Duomo di Milano) e ancora come “capella” o “rettoria” di Sant’Ambrogio nel 1564 (Liber seminarii 1564, un documento redatto in occasione dell’erezione dei seminari diocesani ordinata dal Concilio di Trento, in quale imponeva una tassa su tutte le rendite dei benefici parrocchiali, testo pure conservato nella Biblioteca Capitolare del Duomo di Milano), sempre nella pieve di Castelseprio (“Capella de Sant’Ambrosio de Morazono siue rettoria de d.no Barthalomeo Castiono L. 6 S. – D. 9).
Tra XVI e XVIII secolo, la parrocchia di Sant’Ambrogio è costantemente ricordata negli atti delle visite pastorali compiute dagli arcivescovi di Milano e dai delegati arcivescovili nella pieve di Carnago. Nel 1747, durante la visita pastorale dell’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli, il clero nella parrocchia di Sant’Ambrogio di Morazzone era costituito dal parroco e da nove sacerdoti residenti, oltre a un chierico; il popolo assommava a 772 anime complessive, di cui 537 comunicati; nella parrocchiale era costituita la confraternita del Santissimo Sacramento, eretta dall’arcivescovo Carlo Borromeo il 1 aprile 1583; esisteva inoltre la confraternita del Santissimo Rosario all’altare della Beata Maria Vergine, eretta in ragione di privilegio concesso dal padre generale dei predicatori il 3 aprile 1578, con facoltà di indossare l’abito di colore rosso. Nel territorio della parrocchia, oltre alla chiesa di Sant’Ambrogio, esistevano gli oratori di Santa Maria e di Santa Maria Maddalena (Visita Pozzobonelli, Pieve di Carnago).
Verso la fine del XVIII secolo, secondo la nota specifica delle esenzioni prediali a favore delle parrocchie dello stato di Milano, la parrocchia di Sant’Ambrogio di Morazzone possedeva fondi per 433.19 pertiche; il numero delle anime, conteggiato tra la Pasqua del 1779 e quella del 1780, era di 846 (Nota parrocchie Stato di Milano, 1781). Nella coeva tabella delle parrocchie della città e diocesi di Milano, la rendita netta della parrocchia di Morazzone assommava a lire 895.16; la nomina del titolare del beneficio parrocchiale spettava all’ordinario (Tabella parrocchie diocesi di Milano, 1781).
All’epoca della prima visita pastorale dell’arcivescovo Andrea Carlo Ferrari nella pieve e vicariato di Carnago, il reddito netto del beneficio parrocchiale assommava a lire 2022,45; il clero era costituito dal parroco e da un coadiutore. I parrocchiani erano 4800, compresi gli abitanti delle frazioni Roncaccio, Buglia, Pagliate, Bozzatto; nel territorio parrocchiale esistevano le chiese e oratori Santa Maria Madre e di Santa Maria Maddalena; nella chiesa parrocchiale era eretta la confraternita femminile del Santissimo Sacramento, fondata nel 1818, la pia unione delle Figlie di Maria, fondata nel 1873 e aggregata alla primaria di Roma, e la compagnia di San Luigi Gonzaga, fondata nel 1895, l’Apostolato della preghiera. La parrocchia era di nomina arcivescovile (Visita Ferrari, I, Pieve di Carnago).
Nel XIX e XX secolo, la parrocchia di Sant’Ambrogio di Morazzone è sempre stata inserita nella pieve di Castelseprio in Carnago e vicariato foraneo di Carnago, nella regione III, fino alla revisione della struttura territoriale della diocesi, attuata tra il 1971 e il 1972 (decreto 11 marzo 1971) (Rivista Diocesana Milanese 1971) (Sinodo Colombo 1972, cost. 326), quando fu attribuita al nuovo vicariato foraneo e poi decanato di Varese, nella zona pastorale II di Varese; con decreto 2 maggio 1974 dell’arcivescovo Giovanni Colombo fu aggregata al decanato di Azzate (decreto 2 maggio 1974) (Rivista Diocesana Milanese 1974).
